吴晓军，男，汉族，1966年1月出生，江西泰和人，1988年7月参加工作，1986年5月加入中国共产党，经济学博士。
1984年09月至1988年07月，在江西大学经济系政治经济学专业学习；
1988年07月至1992年10月，为江西省经济信息中心干部(其间：1990年12月至1992年10月，借调省计划委员会以工代赈办公室工作）；
1992年10月至1994年05月，任江西省计划委员会以工代赈办公室干部、主任科员；
1994年05月至1996年01月，任江西省政府办公厅综合处主任科员；
1996年01月至1998年03月，任江西省政府办公厅综合处副处级秘书；
1998年03月至2003年05月，任江西省政府办公厅综合处调研员(1993年10月至2003年04月，任黄智权同志秘书）；
2003年05月至2006年08月，任江西省政府办公厅副主任、党组成员(2001年09月至2004年07月，在江西财经大学工商管理学院产业经济学专业在职研究生学习，获经济学博士学位）；
2006年08月至2010年06月，任江西省鹰潭市委常委，市政府副市长、党组副书记；
2010年06月至2011年08月，任江西省发展和改革委员会副主任、党组成员；
2011年08月至2013年04月，任江西省发展和改革委员会副主任、党组副书记；
2013年04月至2014年10月，任江西省工业和信息化委员会主任、党组书记；
2014年10月至2017年03月，任江西省发展和改革委员会主任、党组书记，省鄱阳湖生态经济区建设办公室(省赣南等原中央苏区振兴发展工作办公室）主任，省委全面深化改革领导小组办公室副主任；
2017年03月至2017年11月，任江西省人民政府副省长，省发展和改革委员会主任、党组书记，省鄱阳湖生态经济区建设办公室(省赣南等原中央苏区振兴发展工作办公室）主任，省委全面深化改革领导小组办公室副主任；
2017年11月至今，任江西省人民政府副省长、党组成员。
2018年1月28日，江西省十三届人大一次会议选举为省人民政府副省长。
十四届江西省委委员。